Родился в семье преуспевающего торговца сигарами Роберта Фаулза и его жены Глэдис (урождённой Ричардс). Джон окончил престижную школу в Бедфорде, где был старостой класса и проявил себя хорошим спортсменом, играя в крикет. Затем он прошёл подготовку к флотской службе при Эдинбургском университете, окончив курсы 8 мая 1945 года — в День Победы в Европе — и был распределён в Королевскую морскую пехоту. После двух лет службы там он отказался от военной карьеры и поступил в Новый колледж Оксфордского университета, специализируясь на французском и немецком языках. Впоследствии он сосредоточился на французском и получил в 1950 году степень бакалавра.